Een juiste en consequente werkmethode is een vitaal onderdeel van de HyCare-methode. Het is een belangrijke barrière om te voorkomen dat aanwezige ziekteverwekkers zich verplaatsen over het bedrijf en daardoor dieren in andere hokken, afdelingen en stallen infecteren. Een goede werkmethode gaat verder dan de hygiënesluis en de aan- en afvoer van dieren. Er gelden duidelijke regels voor bezoekers en er komen geen huisdieren of vogels in de stal.

De controleronde van jong naar oud vermindert ziekteoverdracht, net als goede looplijnen en de voorhanden materialen die uitsluitend binnen één diercategorie worden gebruikt. Hiervoor wordt gebruik gemaakt van een kleurensysteem. Per afdeling zijn er laarzen en een eigen dispenser om snel de handen te ontsmetten. Dit gaat de verspreiding van infecties naar andere afdelingen sterk tegen, net als de methodes om op hygiënische wijze een ziek dier te behandelen of een kadaver te verwijderen.